Hükümet, Anayasa değişikliklerine uyum doğrultusunda Askeri Hakimler Kanunu'nda değişiklik yapılmasına ilişkin kanun tasarısını TBMM'ye sundu. 

Tasarıya göre Genelkukmay Başkanı ve kuvvet komutanlarının Yüce Divan'lık görev suçlarıyla ilgili soruşturma açılması Başbakan'ın iznine tabi olacak. Soruşturmayı Yargıtay Ceza Genel Kurulu'nun seçeceği üç kişilik komisyon yürütecek. 

Buna göre Ankara Başsavcılığı'nda devam eden 12 Eylül soruşturmasında “darbe yapmak” görev suçu kapsamında görülürse, Kenan Evren ve diğer darbeciler hakkında soruşturma açılıp açılmayacağına Başbakan Erdoğan karar verecek. Tasarıyla siviller, savaş hali haricinde askeri mahkemelerde yargılanamayacak. Tasarıyla getirilen diğer bazı düzenlemeler şöyle:

- Askeri mahkemeler, asker kişiler tarafından işlenen askeri suçlar ile bunların asker kişiler aleyhine veya askerlik hizmet ve görevleri ile ilgili olarak işledikleri suçlara ait davalara bakmakla görevli olacaklar. “Devletin güvenliğine ve anayasal düzene” karşı suçlar sivil mahkemelerde görülecek. Böylece Balyoz, Ergenekon gibi davalarda askerlerin askeri mahkemelerde yargılanmaları gerektiği yönündeki itiraz da dayanaksız kalacak.

- Askeri hakimlerin rütbe ve kademe ilerlemesi işlemleri kuvvet komutanlıklarının teklifi üzerine doğrudan Milli Savunma Bakanlığı'nca yapılacak. Askeri mahkemelerin idari işleri ile askeri savcılıkların bütün işlemleri Milli Savunma Bakanının gözetimine tabi olacak.